Okulumuz 2012-2013 Eğitim Öğretim yılında Pendik İlçesine bağlı Pendik Anadolu İmam Hatip Lisesi bünyesinde Eğitim Öğretime başlamıştır.2015-2016 Eğitim Öğretim yılının Eylül ayında Pendik Anadolu İmam Hatip Lisesinden ayrılarak Pendik Merkez İmam Hatip Ortaokulu ismi ile müstakil olarak Eğitim Öğretime devam etmektedir.

     Okulumuz tamamen kız  öğrencilerden oluşmaktadır.Okulumuzda 20 derslik ve 724 öğrenci bulunmaktadır. Okulumuzdaki sınıflarımızda akıllı tahta teknolojisi kullanılmaktadır.Okulumuzda 1 Bilişim Teknolojisi Sınıfı ,1 Teknoloji Tasarım Atölyesi, 1 Konferans Salonu ve 1 mescit bulunmaktadır.

     Okulumuzun kadrosu 1 müdür 2 müdür yardımcısı ve 39 öğretmenden oluşmaktadır.Okulumuzun müdürlüğünü Mustafa HACISALİHOĞLU yürütmektedir.